Пилотный проект предусматривает два уровня высшего образования: базовое высшее и специализированное высшее, а также один уровень профессионального образования — аспирантуру. На уровне специализированного высшего образования будут реализованы программы магистратуры, ординатуры и ассистентуры-стажировки.

В рамках пилотного проекта срок освоения программ будет составлять:

для базового высшего образования — от четырех до шести лет;

для магистратуры специализированного высшего образования — от 1 года до 3 лет.

Финансово обеспечить реализацию пилотного проекта поручено Минобрнауки и Минпросвещения. Университеты, которые переходят на трехступенчатую систему, должны до 30 июня разработать и утвердить образовательные стандарты по новой системе высшего образования. Также президент поручил правительству в течение двух месяцев определить порядок перераспределения контрольных цифр приема на обучение для университетов — участников проекта.

В указе подчеркивается, что на обучающихся, которые в следующих учебных годах будут осваивать программы базового и специализированного высшего образования, а также аспирантуры, распространяются все предусмотренные для студентов права и социальные гарантии.

В 2003 году Россия присоединилась к Болонской системе высшего образования и перешла на систему бакалавриат (четыре года) — магистратура (2 года) — аспирантура (не менее 3 лет). В мае 2022 года глава Минобрнауки Валерий Фальков объявил о планах России выйти из Болонской системы. Основной образовательной программой было предложено сделать специалитет. В конце апреля Валерий Фальков представил «уникальную отечественную систему высшего образования».